Toko digital 3DS, 'eShop', semuanya akan hadir dalam pembaruan sistem pertama, yang saat ini dijadwalkan untuk diluncurkan "pada waktu yang hampir bersamaan di seluruh dunia" pada "akhir Mei", begitu pula opsi untukmentransfer game DSiWaredari Nintendo DSi ke 3DS, dan browser Internet.
“Kami berharap dapat memberi Anda [transfer DSiWare] pada saat peluncuran,” jelas Iwata. “Namun, karena hal ini dapat dilakukan melalui Nintendo eShop, kami mau tidak mau meminta Anda untuk menunggu rilis Nintendo eShop setelah pembaruan sistem pertama.” Nintendo juga merencanakan transfer 3DS-ke-3DS, yang akan diluncurkan di kemudian hari.
Iwata mengkritik Wii Shop Channel dan DSi Shop berbasis browser yang lambat dan canggung, menyebut 3DS eShop sebagai pengalaman berbelanja yang "didesain ulang secara drastis" dan nyaman.
Ia juga mengungkapkan bahwa browser Internet 3DS akan menjadi salah satu fungsi yang dapat dijalankan pemain dari dalam game, bersama dengan Daftar Teman, Pemberitahuan Teman, dan Catatan Game--catatan kecil yang dapat Anda tulis saat game masih ditampilkan di satu layar.
