เรื่องราวถ้ำ 3Dดังที่เรียกกันว่า จะนำซีรีส์นี้ออกจากสไปรท์และกลายเป็น 3 มิติ เพื่อใช้ประโยชน์จากจุดขายหลักของอุปกรณ์พกพารุ่นใหม่ เกมดังกล่าวจะยังคงอยู่ในมุมมองการเลื่อนด้านข้างเหมือนเดิม Cave Story 3D จะเป็นการนำเกมเวอร์ชั่นดั้งเดิมมาสร้างใหม่ โดยมาพร้อมกับพื้นที่ใหม่ ความลับ และไข่อีสเตอร์
การพัฒนาได้รับการจัดการโดย Nicalis สตูดิโอที่รับผิดชอบด้านการดาวน์โหลดเครื่อง WiiWareและดีเอสไอแวร์ฉบับที่เปิดตัวในปี 2010 ผู้สร้าง Daisuke 'Pixel' Amaya ซึ่งเปิดตัวต้นฉบับบนพีซีในรูปแบบฟรีแวร์ในปี 2004 มีส่วนเกี่ยวข้องอย่างแน่นอน
ยังไม่มีคำว่า Cave Story 3D จะออกเมื่อใด Nintendo 3DS มีกำหนดเปิดตัววันที่ 25 มีนาคมในยุโรปแล้ววันที่ 27 มีนาคมในอเมริกาเหนือ
Amaya ยังล้อเลียนความเป็นไปได้ของ Cave Story ภาคใหม่ โดยกล่าวว่า "อาจถึงเวลาที่จะเริ่มคิดถึงภาคต่อ มีโอกาสที่ดีมากที่เราจะได้เห็นภาคต่อ"
