อุปกรณ์พกพาสุดเก๋ของ Nintendo จะได้รับอินเทอร์เน็ตเบราว์เซอร์และร้านค้า eShop ในที่สุดในวันที่ 6 มิถุนายนเมื่อมีการอัปเดตระบบใหม่
ย้อนกลับไปในเดือนมกราคม Nintendoเปิดเผยว่าร้านค้าดิจิทัล 3DS 'eShop' และอินเทอร์เน็ตเบราว์เซอร์จะไม่ถูกรวมไว้เมื่อมีการเปิดตัวอุปกรณ์พกพารุ่นใหม่ในเดือนมีนาคม แต่จะเปิดตัวในการอัปเดตระบบแทน ในเวลานั้น Nintendo คาดว่าจะเปิดตัว "ปลายเดือนพฤษภาคม" แต่บริษัทเปิดเผยเมื่อวานนี้ว่าจริงๆ แล้วจะมาถึงในเดือนมิถุนายน
การอัปเดตระบบจะพร้อมให้ดาวน์โหลดผ่าน wifi ในอเมริกาเหนือในตอนเย็นของวันที่ 6 มิถุนายน ตามเวลาแปซิฟิก นอกจากนี้ยังคาดว่าจะเพิ่มทางเลือกให้กับถ่ายโอนเกม DSiWareจาก Nintendo DSi ไปจนถึง 3DS Nintendo ไม่ได้ให้รายชื่อการอัปเดตทั้งหมดที่จะนำมา แต่บอกว่าจะเพิ่ม "คุณสมบัติและการปรับปรุงใหม่" และเน้น eStore และเบราว์เซอร์
eShop จะจำหน่ายเกมที่ดาวน์โหลดได้ เช่น บริการที่คล้ายกันบน Wii และ DSi อย่างไรก็ตาม Nintendo ได้กล่าวว่าได้เรียนรู้จากความผิดพลาดของร้านค้าที่น่าสะพรึงกลัวเหล่านั้น และ eShop จะนำเสนอประสบการณ์การช็อปปิ้งที่ "ออกแบบใหม่อย่างมาก" eShop จะมี Virtual Console ของตัวเอง จำหน่ายเกม Gameboy, Gameboy Colour, TurboGrafx-16 และ Game Gear
แม้ว่า Opera จะเป็นเบราว์เซอร์ที่ Nintendo เลือกใช้มาหลายปีแล้ว แต่เบราว์เซอร์ 3DS ก็มีรายงานว่าเป็น NetFront ซึ่งใช้โดย PlayStation 3 และ PSP